Los directores de las facultades, escuelas e institutos son nombrados por la Junta de Gobierno seleccionándolos de ternas formadas por el rector, quien previamente las somete a la aprobación de los Consejos Técnicos respectivos o, en su defecto, del Consejo Universitario.
Los directores deben ser mexicanos por nacimiento y llenar los requisitos que fija el Título III Capítulo VI del Estatuto General de la UABC para que las designaciones recaigan en las personas competentes y merecedoras de ejercer tales cargos.