Para ser integrante de la Junta de Gobierno se requiere ser mexicano por nacimiento o naturalización, y haber residido cuando menos diez años en el estado; ser mayor de 35 años de edad y menor de 70 años; poseer un grado superior al de bachiller y haberse distinguido en su especialidad, haber demostrado interés en asuntos universitarios o de índole cultural, y gozar de estimación general como persona honorable y prudente.

Los miembros de la Junta de Gobierno sólo pueden ocupar, dentro de la Universidad, cargos docentes o de investigación, y hasta que hayan transcurrido dos años de su separación, podrán ser designados: rector o directores de facultades, escuelas o institutos. El cargo de miembro de la Junta de Gobierno es honorario.

Las vacantes que ocurren en la Junta de Gobierno por insaculación, muerte, incapacidad o límite de edad son cubiertas por elementos nombrados por el Consejo Universitario. En caso de que el origen de la vacante sea la renuncia, son los mismos integrantes de la Junta quienes designan al nuevo elemento.